（一）辦公室。負責文電、會務、機要、檔案、政務值班等機關日常運轉工作。負責機關日常工作的協調和督查。承擔統計、安全、保密、信訪、政務公開、外事、網絡輿情等工作。負責局機關、直屬單位和司法所信息化建設工作，承擔科技和信息化推廣應用、業務培訓等工作。負責本系統應急處突指揮、組織開展應急演練和應急培訓工作。指導本系統財務、物資裝備和基本建設管理工作，擬定經費保障、財務管理和裝備管理制度。管理、使用本單位中央政法補助專款、基建投資以及轉移支付資金。負責本系統的警車管理工作。負責局機關的預決算、財務管理、國有資產管理、政府采購和裝備管理等工作，指導直屬單位和司法所的財務管理工作。負責重慶市萬州區司法局直屬單位和司法所的內部審計工作。
（二）法治調研督察科。開展全面依法治區理論與實踐調查研究工作，提出有關政策建議。承辦全面依法治區工作規劃、計劃建議的協調工作。組織起草全面依法治區有關重要文件。負責擬定全面依法治區決策部署的年度督察工作計劃，開展重大專項督察，提出督察意見、問責建議。研究提出建設法治政府，推進依法行政的意見和措施。承擔全區法治建設的指導協調、督促檢查和考核評價工作。負責擬定本系統發展戰略、中長期規劃、重大決策和年度工作計劃。負責起草重要綜合性文稿，組織開展理論研究和交流活動。負責信息、年報工作。負責推進司法行政改革工作。承擔聯系區政府法律顧問有關工作。承辦人大代表建議和政協委員提案。
（三）規范性文件管理科。健全全區規范性文件監督管理制度并組織實施。承辦區政府規范性文件向市政府報送備案工作。承擔區政府規范性文件的合法性審查工作。負責組織區政府規范性文件的清理。指導全區規范性文件制定和備案審查工作。牽頭承辦市司法局交辦的法律、法規、規章及規范性文件征求意見稿的反饋意見工作。受理公民、法人和其他社會組織對區政府各部門和鎮鄉街道有關規范性文件審查的請求。承辦區委交辦的區委、區政府聯合制發規范性文件的聯合審查工作。承辦區政府有關文件、協議（合同）等合法性審查工作。負責重慶市萬州區司法局有關重大決策、文件、協議（合同）等合法性審查工作。負責重慶市萬州區司法局行政處罰的審核工作。
（四）社區矯正管理科（掛社區矯正管理局牌子）。負責監督檢查社區矯正法律法規和政策的執行工作。擬定全區社區矯正工作管理制度并組織實施。負責全區社區矯正對象的刑罰執行、管理教育和幫扶工作；指導社會力量和志愿者參與社區矯正工作。
（五）行政復議應訴科。協調行政復議管轄爭議。負責指導、協調、監督全區行政復議工作和行政復議、國家賠償案件統計工作。負責承辦區政府管轄的行政復議案件、國家賠償案件的有關工作。指導和監督全區有關行政復議、國家賠償工作。負責承辦區政府行政應訴工作。負責指導全區行政應訴工作。負責承辦市政府有關裁決案件。負責全區司法行政系統行政應訴、國家賠償等工作。
（六）行政執法指導監督科（重慶市萬州區綜合行政執法指導辦公室）。指導監督全區行政執法工作。統籌推進行政執法制度化、規范化建設和鄉鎮（街道）綜合行政執法工作。承辦相關法律、法規、規章執行情況的監督檢查等。
（七）行政執法協調推進科。負責行政執法綜合協調工作。統籌推進“執法+監督”數字應用建設及推廣工作等。
（八）普法與依法治理科。負責擬定全區法治宣傳教育“五年”規劃和年度普法計劃并組織實施。組織實施區級部門普法責任制工作，指導、監督區級各部門及鎮鄉街道“誰執法誰普法”的普法責任制落實工作，推進全民普法。組織實施區級層面大型普法活動。指導、監督、組織國家工作人員學法用法工作。指導區級各部門及鎮鄉街道、各行業依法治理和法治創建工作。指導社會主義法治文化建設工作。
（九）人民參與和促進法治科。負責人民群眾參與、促進、監督法治建設工作。指導人民團體、群眾自治組織和社會組織參與、支持法治社會建設工作。指導司法所工作。指導人民調解、行政調解工作。負責人民陪審員、人民監督員選任管理工作。指導幫教安置工作。
（十）公共法律服務科。負責規劃和推進公共法律服務體系和平臺建設工作。指導、監督法律援助、公證、仲裁、司法救助工作。指導社會組織和志愿者開展法律服務工作。
（十一）律師工作科。指導、監督律師工作。負責律師事務所、律師執業證的初審報批工作。負責對全區律師事務所和律師實施法律法規規定的有關處罰的調查工作。指導、監督黨政機關、企事業單位法律顧問工作。指導公職律師、公司律師工作。具體管理重慶市萬州區律師行業黨建工作。指導、監督基層法律服務工作。
（十二）法律職業資格管理科。負責重慶市萬州考區國家統一法律職業資格考試的組織實施工作。負責重慶市萬州考區國家統一法律職業資格證書管理等工作。負責組織法律職業人員入職前培訓。
（十三）司法鑒定工作管理科。負責全區司法鑒定機構設立及司法鑒定人申報司法鑒定資格的初審報批工作。指導、管理和監督、檢查司法鑒定機構及其司法鑒定活動。負責司法鑒定機構及司法鑒定人員違法違紀調查。
（十四）干部人事科。負責重慶市萬州區司法局機關、直屬單位和司法所的機構編制、干部人事、工資福利工作。負責司法行政系統科級干部的考察、任免報批和管理工作。負責本系統干部培訓工作。負責本系統專業技術職務的資格初審工作。
（十五）組織宣傳科。負責本系統意識形態、組織建設、宣傳教育、表彰獎勵、精神文明建設和輿情管理工作。負責本系統統戰、群團工作。負責本系統刊物出版和宣傳載體管理。
（十六）退休干部管理科。負責局機關及直屬單位退休干部的學習、管理及服務工作。
政治部。負責本系統黨的建設、思想政治、組織人事、干部培訓、黨風廉政工作。受理查處局機關及直屬單位有關人員違紀違法的案件。
